JPK PIT w kawałkach. Czy w przepisach jest luka, którą ministerstwo woli przemilczeć?

Firma zmienia biuro rachunkowe w środku roku. Jedna część ksiąg trafia do jednego systemu, druga – do innego. Na koniec roku trzeba wysłać jeden spójny plik JPK. Problem w tym, że przepisy milczą o tym, jak to zrobić. Redakcja skierowała w tej sprawie pytanie do Ministerstwa Finansów.

Od 1 stycznia 2026 roku tysiące polskich przedsiębiorców musi prowadzić księgi podatkowe wyłącznie w formie elektronicznej i przesyłać je do urzędu skarbowego w ustrukturyzowanej formie JPK. Nowe struktury – JPK_PKPIR dla podatników prowadzących KPiR oraz JPK_KR_PD dla podmiotów z pełną księgowością – mają trafić do fiskusa
w przypadku wielu firm po raz pierwszy w 2027 roku za cały rok 2026. W praktyce ujawniają się pęknięcia, o których legislator najwyraźniej nie pomyślał.

Jeden plik za cały rok – i żadnej furtki

Istota problemu tkwi w samej konstrukcji nowych struktur. Plik JPK_PKPIR nie jest sprawozdaniem kwartalnym ani miesięcznym – to przekrój całego roku podatkowego, od 1 stycznia do 31 grudnia. Struktura ma jedno pole na datę początkową i jedno na datę końcową okresu. Urząd skarbowy oczekuje jednego spójnego dokumentu od jednego nadawcy.

Wyobraźmy sobie konkretny scenariusz: spółka jawna przez pierwszy kwartał 2026 roku obsługiwana jest w Biurze A, które prowadzi księgi w Comarch Optima. W połowie kwietnia właściciele decydują się na zmianę – od maja obsługę przejmuje Biuro B, pracujące na zupełnie innym oprogramowaniu. Do 30 kwietnia 2027 roku ktoś musi wysłać plik JPK obejmujący cały rok – styczeń–kwiecień z systemu Biura A i maj–grudzień z systemu Biura B.

I tutaj zaczyna się problem, na który przepisy nie odpowiadają.

Techniczne pęknięcie: systemy do siebie nie pasują

Teoretycznie rozwiązanie jest proste: Biuro B powinno ściągnąć dane z pierwszej części roku i wygenerować jeden zbiorczy plik. W praktyce to często niemożliwe. Nie wszystkie programy księgowe mają możliwość importowania danych z innych systemów – Comarch Optima, jeden z najpopularniejszych programów dla biur rachunkowych w Polsce, na dziś nie oferuje takiej funkcji w standardzie. Dane można eksportować do XML lub CSV, ale zaimportowanie ich do innego systemu z zachowaniem pełnej zgodności ze strukturą JPK – z prawidłowymi datami, numerami dokumentów, powiązaniami z KSeF-em – jest operacją, której większość systemów po prostu nie obsługuje automatycznie.

Ordynacja podatkowa nie przewiduje instytucji „częściowego JPK”. Przepisy nie regulują możliwości przesłania dwóch oddzielnych plików za różne okresy roku przez dwóch różnych pełnomocników. Ministerstwo Finansów, wprowadzając nowe obowiązki, nie wydało też żadnej broszury informacyjnej dotyczącej JPK_PKPIR, która wyjaśniałaby takie przypadki szczególne.

Podatnik odpowiada, choć nie ma narzędzi

Ostateczna odpowiedzialność za przesłanie pliku JPK spoczywa na podatniku, nie na biurze rachunkowym. Biuro może działać jako pełnomocnik na podstawie UPL-1 (co reguluje dopiero ustawa ustawy z dnia 15 maja 2026 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne, podpisana przez Prezydenta 11 czerwca br.), ale jeśli plik nie trafi do urzędu lub trafi niekompletny – konsekwencje ponosi firma. Grozi za to mandat, a w poważniejszych przypadkach postępowanie karnoskarbowe.

W praktyce może dojść do sytuacji, w której podatnik jest w dobrej wierze, przekonany, że obowiązek jest spełniony – bo nowe biuro wysłało plik za maj-grudzień, a stare biuro „zamknęło” swoją część. Tymczasem urząd skarbowy nie otrzyma nic albo otrzyma plik za niepełny rok.

Redakcja pyta ministerstwo

Redakcja skierowała do Ministerstwa Finansów pytanie o to, jak podatnik powinien wypełnić obowiązek przesłania pliku JPK za rok, w którym korzystał z usług dwóch biur rachunkowych prowadzących księgi w niekompatybilnych systemach. Zapytaliśmy też, czy ministerstwo przewiduje interpretację ogólną w tej sprawie i czy struktury JPK zostaną rozbudowane o możliwość przesyłania danych za podzielone okresy.